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首个多作物参考面板数据库发布
来源:中国科学报 发布时间:2020-11-12

近日,华中农业大学信息学院生物信息团队在《核酸研究》发表研究成果。该团队通过收集包括水稻、玉米、小麦、油菜和棉花等12个重要农作物的遗传变异信息,构建了植物中首个多物种的高质量的遗传参考变异库,为植物遗传育种研究提供了宝贵资源。

大多数植物缺乏高质量的参考面板,极大地限制了基因型填充在植物中的应用。为了克服这一限制,研究者开发了植物遗传参考变异库——Plant-ImputeDB。该数据库通过整合包括水稻、玉米、小麦、油菜和棉花等12个重要农作物的遗传变异信息和全基因组重测序数据,包括34244个样本约6990万个单核苷酸多态性的遗传变异信息,构建了植物中首个多物种参考面板的综合数据库。

该数据库提供在线的基因型填充,支持搜索、浏览并提供相应数据下载,同时接受不同类型的基因组变异数据的提交,提供对所有公开可用数据的免费和开放访问,以支持全球范围内的相关研究。(王方)

相关论文信息:https://doi.org/10.1093/nar/gkaa953


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